O szkole
Szkoła w Niegowici funkcjonowała od 1839 r. jako szkoła parafialna i mieściła się w prywatnym domu. Budynek szkoły wybudowano i rozpoczęto w nim nauczanie dzieci w 1912 r. Historyczne wydarzenia w Polsce wywierały wpływ na dzieje szkoły w Niegowici. Podczas I wojny światowej 27 listopada 1914 r. przez Niegowić przechodziły wojska austriackie, a potem moskiewskie - kozacy. Na terenie Niegowici, Krakuszowic i Wiatowic toczyły się zacięte walki. Wielu żołnierzy poległo. Wojska austriackie wycofały się. Budynek szkoły w Niegowici został wtedy zajęty przez tzw. "starszyznę" rosyjską. Na drugi dzień wymaszerowali kozacy, a na ich miejsce przybyło regularne wojsko rosyjskie.Budynek szkoły zajął Czerwony Krzyż rosyjski. Na terenie Niegowici walki trwały tydzień.
W okresie I wojny światowej nauczanie w szkole w Niegowici odbywało się z przerwami spowodowanymi napięciami w kraju i walkami. Dopiero po odzyskaniu niepodległości 11 listopada 1918 r. szkolnictwo zostało uregulowane.
Następne wydarzenie, które wywarło wpływ na oświatę w Niegowici to wybuch II wojny światowej 1 września 1939 r. kiedy to wojska hitlerowskie wkroczyły na teren Polski i zajęły ją od Bałtyku aż po Tatry. W lutym 1940 r. zarządzeniem okupanta zabroniono uczyć o Polsce i sprawach polskich, a nazwę szkoły w Niegowici zmieniono na "Offentliszhe Polshiische Volkischule". Wyżej przedstawiona sytuacja zainspirowała nauczycieli w Niegowici, tak jak w całej okupowanej Polsce, do prowadzenia tzw. tajnego nauczania. W kronice szkoły w Niegowici - tak zapisał ówczesny dyr. szk. Piotr Anioł: "W Niegowici uczyło się tajnie 101 osób z tego 42 w zakresie szkoły powszechnej oraz 59 osób w zakresie szkoły średniej." "...Nauczycielstwo w Niegowici z honorem i poświęceniem wypełniało w czasie koszmarnej okupacji ten chwalebny, a niebezpieczny obowiązek wobec Ojczyzny". W kwietniu 1941 r. wojsko hitlerowskie podczas przemarszów na wschód zajęło całkowicie budynek szkolny na kwaterunek . Podczas wyzwolenia Ziem Polskich w styczniu 1945 r. walki toczyły się również na Ziemi Niegowickiej. Po wycofaniu się wojsk niemieckich 18 stycznia 1945 r. budynek szkoły w Niegowici zajęły wojska radzieckie.
Po wyzwoleniu Niegowici i okolicznych miejscowości 2 stycznia 1945 r. rozpoczęła się nauka w odrodzonej Polsce. Oświata w Polsce rozwijała się, rosły potrzeby w sferze dydaktyczno - wychowawczej i materialnej. Podejmowano reformy systemu edukacji, co pociągało za sobą konieczność przeprowadzania w wielu obszarach modernizacji. W 1986 r. z inicjatywy ówczesnego dyrektora szkoły mgr inż. B. Sarapaty rozpoczęto prace mające na celu rozbudowę istniejącego budynku szkolnego.
W dniu 1.IX.1998 r. nastąpiło uroczyste oddanie szkoły do użytku i nadanie jej imienia Ojca Świętego Jana Pawła II - ówczesnym dyrektorem szkoły była p. Grażyna Kasprzyk. W dobudowanej części obiektu szkolnego mieściło się Gimnazjum w Niegowici. Natomiast Szkoła Podstawowa im. Ojca Świętego Jana Pawła II znajdowała się w wyremontowanym starym budynku oddanym do użytku w dniu 3 IX.2001r.
Od 1 IX 2012 r. dyrektorem szkoły jest p. Małgorzata Dymek, a od 1 IX 2019 r. stanowisko wicedyrektora szkoły pełni p. Włodzimierz Wójtowicz.
Obecnie do szkoły uczęszcza 261 uczniów. Szkoła posiada bogatą bazę dydaktyczną, co daje uczniom możliwość wszechstronnego rozwoju. W 2021 r. placówka zyskała miano Szkoły Modelowej przystępując do innowacyjnego projektu Małopolskiego Laboratorium Edukacji Cyfrowej Humine, jako jedna z 22 szkół w Małopolsce, gdzie celem nadrzędnym jest upowszechnianie nowoczesnej dydaktyki i zapewnienie dobrostanu ucznia. Szkoła bierze również udział w programie Laboratoria Przyszłości, który jest kolejnym krokiem dla wzbogacenia i uatrakcyjnienia procesu zdobywania wiedzy i praktycznych umiejętności przez naszych uczniów.